水平電泳中的那些小問題

電泳方式
用于分離核酸的凝膠電泳可分為垂直型和水平型。垂直型電泳，一般用聚丙烯酰胺作為支撐物。水平型電泳，凝膠板完全浸泡在電極緩沖液下1-2mm，也稱為潛水式，一般使用瓊脂糖作為支撐物?？筛鶕龣z測核酸分子的大小，選擇電泳方式。

目前使用更多的還是水平型電泳。因制膠和加樣比較方便，電泳槽簡單，易于制作，又可根據需要制備不同規格大小的凝膠，節約凝膠，因而較受歡迎。

電泳凝膠濃度與檢測分子量大小的關系
在一定濃度的瓊脂糖凝膠中，DNA片段遷移距離和其含有的堿基對數量呈反比，因此可通過與標準條帶（Marker）遷移距離進行比較，由此得出目的條帶的大小。但此檢測方法，僅對雙鏈線性DNA比較準確（DNA Marker一般為雙鏈線性DNA）。

同樣的線性DNA分子在不同濃度的瓊脂糖凝膠中的遷移速度不同，DNA電泳遷移率的對數和瓊脂糖凝膠濃度呈線性關系，凝膠濃度的選擇取決于待檢測的DNA分子大小。小分子DNA應選擇對應濃度的PAGE凝膠電泳完成檢測，而更大的DNA分子建議使用脈沖場凝膠電泳。

核酸分子構象與電泳遷移率的關系
DNA分子在電場中的遷移速度不僅和分子量有關，還和它本身的構象有關。相同分子量的線性、開環和超螺旋DNA在瓊脂糖凝膠中的移動速度是不一樣的。移動速度次序為：共價閉環DNA>線性DNA>開環DNA。
當瓊脂糖濃度太大時，環狀的DNA一般不能進入膠內，而停留在樣品孔中。

電泳電壓的確定
在低電壓時，線性DNA片段的遷移速率和所加電壓呈正比。電壓增加，瓊脂糖凝膠的有效分離范圍將縮小。
電泳時，電壓建議為5-8V/cm。電壓過低會導致條帶彌散；電壓過高會使凝膠過熱和DNA變性，還可能出現條帶彎曲等帶型，影響檢測結果。

TAE與TBE緩沖液的選擇
TAE緩沖液推薦用于分析分子量大于1500bp的DNA片段和超螺旋DNA條帶；TBE緩沖液推薦用于分析分子量小于1500bp的DNA片段和變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。大片段DNA分子在TBE緩沖液中無法完全分離。

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